Ох уж... Если Тотал показывает скорость копирования в пределах одного винчестера в районе 2000 Кб/с,
(при этом процессор загружается на 50% и более) то значит, что винчестер перешел в режим PIO.
Лечение есть, но неизвестно, это ли у тебя.