Да не в размере дело, а в самой структуре FAT32, она очень неустойчивая, малейший сбой, и происходит появление перекрестных ссылок, что может привести к потере важной информации. Зря, что ли, в NTFS применяют две MFT в разных местах диска, и организация работы построена по принципу транзакций баз данных