Demnus, всё-таки, не видя схемы, трудно однозначно что-то утверждать, но когда я писал свою на более чем 500 динамических элементов (ChildPanelEx), убедился, что переполнения стека и конфликты контекстов порою выкидывают неприятные сюрпризы. Приходилось организовывать промежуточные структуры данных, через которые основной поток программы может общаться с независимыми потоками в панелях. Похоже, именно в этом и Ваша проблема - взаимодействие с "внешним миром" динамических элементов стоит ограничивать или реализовывать другими путями. Особенно характерны проблемы с попытками одним потоком что-то менять в интерфейсе графического элемента, который обслуживается другим потоком. Вы схему-то проблемную дали бы, глядишь, решение найдётся. Не через буфер обмена, а через обменник файлами (прокрутите страницу выше, там будет "Файлообмен")

Вы поймите основной принцип - каждая вкладка - по сути - отдельная программа, которая работает условно параллельно основной и своим соседям, и подловить момент, когда, например, у одной готовы данные, а вторая ничем не занята - ваша (не всегда простая) задача