Чет не могу понять зачем такой геморой? Типа загрузил "привет", а когда выгрузил "пока"
Вряд ли в процессе хранения программы в MemoryStream что то произойдет, что хранящееся программа поменяет свои возможности, да и еще так кардинально чтобы потребовалось выводить другое сообщение.

Разве что вам надо записать в безобидную программу какуюто бяку. Так вот если вы ето придумали чтобы понять сам принцип такой реализации (а ето реализуемо), то как говорится "надежда умирает последней".
Ваша репутация - ваш враг.