А что вам мешает сделать настройки в.ini, а в программе реализовать чтобы при первом запуске открывалось окно настроек.


А именно не все умеют жмякать на кнопки "next" или "ok"

Чет вы темните или сами не знаете чего хотите

Для чего нужен инсталятор?
Для того чтобы пользователь не думал куда ему копировать файлы и папки, какие изменения вносить в реестр и т.п.
И пользователю по барабану "через какое место гланды вырезаются", главное результат.

Пример инсталляции

Основная программа 1.exe со всеми настройками в .ini, которые появятся при первом запуске с предложением ввести необходимые настройки.
Дополнительная программа instal.exe, которая согласно инструкциям расставит все файлы по своим местам и выполнит все настройки реестра. И по завершению подчистит мусор.
Далее ети проги пакуете в SFX архив c указанием временной директории распаковки с последующим запуском instal.exe.

Также как и обычно получится единый .exe-шник. Что еще надо?