У них разная технология работы, обычный таймер работает на очереди сообщений, соответственно не такой точный и требует обработчика сообщений (грубо говоря - оконной процедуры, если приложение с окном, потому с ним и синхронизирован).
Независимый же таймер работает именно как генератор независимых потоков, что объясняет его название. Но за точность приходится расплачиваться быстродействием, если его не будет хватать, как заметил Леонид, появится второй поток и потребует доступ к тем же данным, над которыми уже работает первый. Последствия могут быть очень "весёлыми"