Ярлык тут не причем. Надо принудительно установить внутри проги, при запуске, рабочую папку ту, из которой грузится приложение. При запуске самого приложения, рабочая папка назначается автоматически равной папаке запуска. При запуске же из-под WinExec, рабочей папкой по-дефолту будет папка запуска WinExex. Видимо в приложении есть места, где читается дефолтная папка