Да у Вас выбор-то не велик, либо SQLite, либо что-то изображать самостоятельно (не поднимать же сервера БД ради трекера). Для Ваших задач даже скорости файловой системы может хватить, папки и файлы использовать. Про скорость со вложенными динамическими контейнерами не скажу, до этого момента ни разу не доводилось проверять. Равно как MT-массивы не были пока нужны.