Как и чем генерируется список байт-данных, или может эти данные постоянны? Также всегда одни и те же данные в одно и тоже место? Сомневаюсь...
А значит нужно сравнивать оригинальный файл с измененным и разницу записывать в файл отчета, который и будет использоваться для изменений файлов.

Фактически ничего не сделано

Вобщем либо переносим тему в куплюпродам, либо пишите в личку, попробуем найти решение.