Вот, сделал программу патчер. Алгоритм работы:
1. Считывает байт из old file.
2. Считывает байт из new file.
3. Сравнивает считанные байты.
4. Если различны, сохраняет этот байт в буфер.
5. Если равны, записывает в patch-файл позицию начала различия блока файла, потом размер блока различий, затем само различие, буфер очищается.
6. Повторить п1-п5 до конца файла.
7. Выполнить п5 без проверки условия равенства (ничего не сравнивается).
8. Вывести сообщение о завершении создания патч-файла

patcher.rar