Действительно много лишнего.
Нестандартные элементы лучше не использовать. Для блокировки двойного запуска можно использовать стандартный mutex.
Таймеры в качестве промежуточных звеньев лучше не использовать. Можно получше проработать логику работы, тогда они не понадобятся.
Дели схему на функциональные части и упаковывай их в MultiElement'ы.

Зачем там ярлыки? Что они делают?
В схеме почему-то разьехался весь интерфейс в редакторе форм. Или он такой и задуман?

Предлагаю взглянуть на такую обработку списка файлов.
code_26643.txt(кстати, кто что по этому поводу скажет? Может есть путь поинтереснее?)
Работает просто:
Заполняет список файлами, и начинает по очереди выдавать их в поток.
После обработки файла, он удаляется из списка.
Во время обработки можно продолжать наполнять список.

Если нужно парсить папки, тогда, как ты это уже делал, перед добавлением файла в список, проверяй его тип, и если это папка - рекурсивно сканируй ее, добавляя все найденные файлы в список.
Если опасаешься двух копий программы в памяти, тогда после старта первым делом проверяй mutex, и лишь после - наличие streams.exe