Не забывай про второй вариант - выключить ожидание завершения, ничего не трогая в твоей текущей схеме (та, что без таймера). Тогда вся логика в один момент окончит работу, перебрав весь список. А нагрузка по запуску десятков процессов streams ляжет на ОС.
Другое дело, потянет ли это ОС, и может ли streams работать одновременно со своими копиями? Проверь это.
В случае успеха ускорение будет еще больше. И автоматом будут использоваться преимущества многоядерности, если они есть.

Ну с этим я могу тебе помочь
Есть два пути:

Восстановить политику безопасности. А для этого, судя по всему, нужно вернуть переключатели "уровень риска" и "не сохранять сведения" в положение "не задан". Они находятся по пути win+r > gpedit.msc > конфигурация пользователя > административные шаблоны > компоненты windows > диспетчер вложений. Кстати, у меня там все переключатели в положении "не задан"

Или же поступить проще. Т.к. информация содержится в потоке, то можно просто создать свой поток в подопытных файлах. Приложение его также уничтожит, что можно контролировать, прочитав этот поток.
Создание потока в cmd: echo data > file:stream
Чтение: more < file:stream

Например так:
echo abcdefg > daemon.exe:mystream
more < daemon.exe:mystream

Чтобы не вводить вручную для каждого файла, можно добавлять и читать потоки автоматически.
Складываешь файлы и папки в какую-нибудь папку, кидаешь туда файл setstreams.bat, запускаешь его, запускаешь streams-d и обрабатываешь файлы из этой папки, нажимаешь любую клавишу в окне setstreams.bat и он выводит список файлов (рекурсивно). Если под именем файла написано abcdefg - поток остался цел, и streams-d не отработала.
Если написано, что файл не найден - поток уничтожен, и streams-d отработала удачно.
Хотя тебе этот список не нужен, и достаточно только первой половины батника - той, что пишет в потоки.

Ps.
Это получается, что лично тебе, по крайней мере до переустановки, эта программа больше не нужна, а значит и нет мотива продолжать совершенствовать ее? Или продолжаешь ее пытать в качестве снаряда для обучения?