Вот моя методика работы за компьютером - может, кому-нибудь пригодится, дабы не иметь подобных проблем.
1) Есть такая программа - Ashampoo Uninstaller. Она позволяет делать снимки системы (с выбором папок и ключей реестра), сравнивать указанные снимки и в удобном виде отображать/откатывать изменения. Я этой программой регулярно делаю и сохраняю снимок системы затем при проблемах сравниваю только что сделанный снимок со снимком, сохраненным ранее. Это позволяет точно выявить внесенные в указанный период изменения в системе. Например, я как-то подхватил вирус, который удалил ключи безопасного режима из реестра. Вирус был вылечен загрузочным диском с антивирусом, а ключи - восстановлены из лога сравнения снимков.
2) При установке, а также запуске якобы "портабельных" программ также делаются снимки перед запуском/установкой программы и после и создаются логи. Логи установки хранятся всё время, пока программа находится на компьютере. Это позволяет очистить систему от оставленного мусора после удаления программы. Неочевидный плюс: очень часто когда требуется установить новую версию программы (например, этим грешат продукты Adobe или Касперского) требуется очистить систему от предыдущих версий, для чего выкладываются всякие "Cleanup tool", которые делают с вашей системой неизвестно что. Мой метод позволяет избежать таких проблем. Кроме того, если в процессе установки программы произошел сбой (напр., выключили свет) вы всегда сможете откатить любые изменения и начать установку заново.
3) Все новые программы тестируются, а также любые небезопасные эксперименты проводятся на виртуальной машине.
4) Интеренет расшаривается на виртуальную машину и используется только там.

Мне эти действия позволяют не переустанавливать систему годами, при этом я практически всегда знаю какая программа и что делает в моей системе, а система не является замусоренной.