В версиях SVN 1.6.x и ниже, БД создавалась в каждой папке рабочей копии, и для полного удаления БД SVN, необходимо было их удалить...
В последних версиях SVN 1.7.x, БД создаётся только в корневой папке рабочей копии.
А так, клиент ругался на конфликт и исправить его не мог, т.к. рабочая копия была версирована в ранних версиях Subversion о чём он и сообщил в LOG.