Среда должна уметь сама прокладывать связи через контейнеры от выбранных 2-х компонентов.
Предлагаю, ввести именование компонентов по желанию, а контейнеры рассматривать как пакеты.
Не именованные контейнеры рассматривать прозрачно, т.е. как часть пакета, а при появлении имени считать контейнер отдельным пакетом.
Каждый пакет именовать по схеме подобной Java, пример
Program |-> Bin
. . . . . . . |-> Logic |-----> Math
. . . . . . . |. . . . . . . |-----> Vector
. . . . . . . |-> DataBase

Далее, к примеру у нас есть в пакете Vector какойто компонент, который свои расчеты передаёт в компонент находящийся в пакете DataBase.
Кликаем на компоненте от которого требуется провести линк, вызываем GUI, вбиваем

Program.
после знака "." он подсказывает возможные пакеты Bin, Logic, DataBase выбираем DataBase

Program.DataBase.
после знака "." он подсказывает возможные компоненты, возьмём имя "компонент"

Program.DataBase.компонент.
после знака "." он подсказывает возможные методы вероятно в т.ч. скрытые, возьмём doSend.

Program.DataBase.компонент.doSend

Жмём Enter и происходит линковка (создание точек и связей) выделенного компонента с "компонент" через
Выделенный компонент -> Vector -> Logic -> DataBase -> компонент -> doSend