А что мешает поставить обычный поток с задержкой в и дуть эти импульсы в порт, отсчитало сколько надо, остановило поток
Зачем тут все циклить-то
И почему задержки стоят до счетчика, а не после, с чем это связано

Да, кстати, я бы настоятельно не рекомендовал ставить разрешение всех таймеров в 0, это чревато полной загрузкой системы, возможно даже, с полной блокировкой интерфейса. И вообще, использовать режим RealTime с разрешением в 1 мкс, в системе Виндоус, без использования драйверов 0-го кольца, не получится никак -- минимальная задержка для системы около 15 мс (а реально вообще 64 мс), только в ненагруженном состоянии можно хоть как-то добиться разрешения чуть меньше 10 мс, о мксек вообще речи быть не может, система постоянно будет лезьт в ваш таймер и откладывать его события для выполнения своих задач.