В данной ситуации все зависит от админа, как он выгонит юзеров из приложения.
Обновлялка останавливается если процесс (прога) запущен, чтобы не напортачить.
Тут 3 варианта:
1. выгнать юзеров (проблемы админа)
2. запускать в ночное время, когда есть уверенность, что никто не работает (проблемы админа)
3. ждать завершения работы проги (выхода всех юзеров)(проверить занятость опред. файлов и т.п.), и только потом провести обновление.