Соответственно, напрашивается решение: если пользователь отключил автозагрузку - ставить в файле или реестре пометку "Не добавлять в автозагрузку". При запуске проверять: есть пометка - ничего не делаем, нет - добавляемся в автозагрузку, и включаем галочку. Если потом пользователь включит автозапуск - добавляемся в автозагрузуку и пометку убираем.