CriDos, ну в нормальных местах есть понятие incremental update - обновление с предпоследней версии на последнюю. Т.е. надо держать две версии установщика - с 0 до последней, и с предпоследней до последней. Ну и хорошо бы в установщике проверять, что стоит именно предпоследняя версия, в противном случае громко ругаться и предлагать скачать полную версию.