Вы не правы. Поискать придется как раз именованную линию. Потом, а не сейчас, когда Вы только нарисовали. И это "потом" - гораздо важнее, чем сиюминутное сейчас.
Мне представляется, что ни один LineBreakEx в Вашем варианте схемы - не оправдан.

Всплывающий комментарий над линией связи (с возможностью фиксации, аналогично хинту для элемента) - был БЫ хороший функционал. И, наверняка был БЫ реализован - если БЫ мы среду делали.

Видите ли, Evgenij_Egorovich, одна из гениальностей HiAsm в том, что мы позволяем пользователю не держать в башке т.н., декларативную информацию: это имя обладает таким смыслом, а это - вот эдаким...
Лично я, считаю это самым большим преимуществом HiAsm по сравнение с другими, даже ГРАФИЧЕСКИМИ средами программирования.
Посмотрите на язык блок-схем: там визуализирована императивная часть алгоритма. Может быть, даже лучше чем у нас. В среде языка ДРАКОН они даже декларируют невозможность пользователем сделать пересечение связей. Не просто "некошерно", а не позволяют, и все.
Зато передача данных - только через какие-то переменные. Которые описаны в какой-то там таблице, и т.д., и т.п..

Второй пункт - комментарии. Они обязаны быть. И вовсе не будет плохо, если они будут у каждого элемента. Но им не следует навязчивыми.
Вспомните свою фразу (которую я поддерживаю безусловно): "... и возможности ОХВАТЫВАТЬ ОДНИМ ВЗГЛЯДОМ (причём - обычным, а не мысленным) целые фрагменты СИСТЕМЫ"
Не надо затруднять эту возможность (хотя, судя по схеме, экран у Вас - мама не горюй)
А комментарии никуда не денутся - легким движением руки....

Обрамление блоками - совершенно правильно. С кратким именованием блока, и с возможностью получить (при желании) развернутый комментарий неограниченного размера.

Боевая раскраска всеми цветами радуги... Извините, но не мое это. Не помогает думать, а отвлекает.