Он не обновляет базу элементов
Он проверяет обновления некоторых частей среды HiAsm и в том числе базу настроек HiAsm и перезаписывает её т.к. она всегда отличается от той что на сервере.
Для обновления базы элементов, необходимо запускать скрипт sql_to_db.bat из каталога целевого пакета.

Про клиенты SVN с GUI ничего сказать не могу, в своё время намучился с ними и перешел на консольную версию.