Не понимаю пользы от ассоциации файлов с портабельными программами...
Для себя делаю запускальщик портабельной программы. Перед запуском импортируются значения реестра из файла, затем, если необходимо, в нужные ключи прописывается путь к программе, запускается, ожидается завешение, затем реестр чистится.