Не пробовал, но полагаю что это из ленейки Ceedo, Mojopac, Prayaya... не совсем то, что нужно.

Упомянутый софт имеет свои плюсы и минусы.
Частичная имитация системы с хранением файлов на флешке.
Некая песочница хранящаяся на флешке
Набор готового portable софта на флешке с удобной менюшкой
... и т.п.

Фактически во всех случаях не используется вся мощь реального железа.


Добавлю, что интересует не только ассоциация файлов, а реестр в целом.
Импортекспорт значений реестра в большинстве случаев решает поставленную задачу.

А если немного поразмышлять...
На компе работае какаято прога, которая систематически лезет в реестр. А вам для запуска такой же проги с Вашей флешки нужно внести изменения в реестр.
Как быть?
Если есть возможность отследить что прога с флешки лезет в реестр и подсунуть ей подготовленные значения, почему бы этого не сделать.