Да. Естественно, оформить, чтобы выдавало названия, линки, и другую информацию, фильтровало по нужным тебе критериям.
Можно положить только в корень папки с файлами. А в листинге выдавать ссылки на подкаталоги. При щелчке на такой ссылке она направляет на тот же единственный файл php, только с параметром типа "index.php?dir=mysubdir". А в index.php показывать содержимое этого mysubdir. В общем может получиться "файловый менеджер".

А если запретить прямой доступ к файлам, а отдачу реализовать через PHP, то можно прикрутить авторизацию с правами на скачивание. Но это уже требует БД, тогда и список файлов там же хранить (можно сделать админку, тогда там же будет аплоад, управление доступностью файла, правами и т.п.)