А какая разница, строит ли список файлов модуль mod_autoindex или скрипт PHP? Тем более, что в первом случае тебе все равно нужно выполнить скрипт PHP.

Единственное, если так хочешь оптимизации, можешь весь этот код вынести в отдельную страницу, которая по запросу генерирует список файлов и сохраняет его в index.php. Пользователи смотрят только index.php, а генерирующую страницу ты запускаешь самостоятельно только после добавления файлов.