Я бы делал полностью по модульному принципу. Например, сделать dll, которая будет обрабатывать исходник схемы. Такая библиотека может загружать схему, создавая её представление в виде набора объектов (компоненты, их свойства, связи между ними) и предоставлять API для управления всеми этими объектами (чтение/изменение свойств, добавление/удаление компонентов/связей, сохранение/загрузка схемы). Для инициализации библиотеке требуется указать параметры нужных пакетов (типа расположение папки с конфигурацией компонентов).

Эту же библиотеку будет использовать среда (второй модуль), в задачу которой будет входить визуализация на экране загруженной схемы, предоставление пользователю доступа к редактированию компонентов (используя предоставленное API).

Кодогенератор пакета - третий модуль, получает от среды ссылку на загруженную схему, используя то же API, генерирует код.

Таким образом "используя свой инструмент" достаточно подгрузить эту библиотеку, загрузить ею схему и можно делать со схемой что угодно (в рамках доступного API).