В компоненте параметры читаются в таком порядке: Filename, Params, WorkingDir.
В первом примере Filename, Params беруться с верхней точки, а WorkingDir из потока. Если в потоке будет неправильный каталог - файл не запустится. Во втором случае значение из потока перекрывается и идет на Params, и WorkingDir пуст. В первой комбинации нужно глушить значение в потоке.