Если проводник выделен в отдельный процесс - нет, это настраивается в реестре. Можно ещё поставить в реестре ключ восстановления окон проводника на старом месте при перезапуске, по крайней мере так было на старых NT, сейчас не ручаюсь. Кстати, о смене ассоциаций систему ещё можно уведомить вызвав API SHChangeNotify с правильными параметрами. Вот только в новых системах это событие перехватывается и выскакивает диалог ручного применения ассоциаций.