up1891,
2. Методов сравнения множество, один вы назвали: метод наименьших квадратов, о других, полагаю, и не слышали, например коэффициент корреляции Пирсона. Методы дают результат сравнения.
3. Но сравнивать надо одинаковые интервалы и известные точки одного могут не совпадать с известными точками другого, их надо вычислять по соседним точкам. Процесс вычисления и называется "интерполяцией", при которой неизвестная линия между двумя точками представляется прямой, параболой, или более сложной функцией.