Как-то непонятно ты сформулировал.
"у меня есть сомнение что при остановке сервиса потоки и дальше работают"
Может все-таки "подозрение, что при остановке сервиса потоки и дальше работают"? Они и не должны сами останавливаться - пробуй останавливать потоки по onStop. И о каких потоках идёт речь - о потоке в данном компоненте или компоненте Thread?