Тут все очень просто -- MMTimer использует системный таймер, для которого система использует специальный выделенный поток, те он асинхронный, а обычный же таймер использует очередь сообщений главного окна приложения, те он синхронный, отчего и происходит рассинхронизация обычного таймера. Те события обычного таймера гарантированно произойдет только тогда, когда система посчитает нужным отдать управление обработчику главного окна приложения, что не относится к MMTimer-у, события которого происходят гарантированно под управлением системы, но это и его недостаток -- MMTimer нельзя использовать с интерфейсными элементами, точно так же, как и обычные потоки по причине их асинхронности.