Идеи о чем? Чтобы оба таймера останавливались, когда удерживаешь кнопку закрытия? Так они оба останавливаются. Поставь одинаковый интервал и увидишь.
Более точно: таймеры внутри системы продолжают считать и в процессе отсчета посылают программе оконные сообщения с указанным интервалом. Если программа занята и не может обработать сообщения - это проблемы программы и систему они не волнуют.

Если же идея о том, чтобы события таймера происходили независимо от нажатия кнопки закрытия - используй MMTimer. С учетом работы параллельного потока в программе.