Сталкнулся с такой ошибкой. При копировании части схемы и последующей вставке, в один прекрасный момент после загрузки схемы, обнаружилась неправильная линковка. У элементов (в основном у LinkBrakeEx) были однинаковые ID (Add(LineBreakEx,412,343,245)). Поудалял "бракованные" элементы, повставлял из политры другие, все восстановил.
Не могу точно сказать в какой момент началось это безобразие, повторить ошибку не могу.
Напомню у меня старый лис 48.0.2, может в нем проблема.