BTW: из серии уж сколько раз твердили миру... (например)
Сравнивать быстродействие алгоритмов с разными асимптотиками - НЕ КОРРЕКТНО

Кстати говоря, Вы так и не указали файлы, на которых производилось сравнение.
Не солидно, как-то. Мягко говоря...
Может на файлах с отсутствующими повторами - результат и обратный будет. Мало ли чего...
В смысле: тщательнее надо... Когда изменения вносишь.