STDIN, STDOUT (pipe) - это межпроцессный обмен данными, скорость может быть ниже, чем ожидалось. Посмотри мои компоненты PipeClient\PipeServer - с какой скоростью они обмениваются данными. Если больше, значит причина может быть в реализации чтения консоли в программе либо в скорости, с которой Apache туда данные записывает (может у него есть настройки, ограничивающие загрузку процессора/памяти).