А если запущено несколько копий программы? А если пользователь в этот момент что-то делает и не сохранил изменений? Для закрытия программы лучше отправлять всем окнам (или окнам с классом как у программы) сообщение WM_CLOSE (а лучше - своё собственное сообщение с предопределенными параметрами, а в программе - ожидать получения). Ожидание завершения, если требуется - на основе мютекса (ну, или пытаться заменять файл до тех пор, пока не получится).