Причина такого поведения может быть различной. Перед публикацией очередной ревизии программы производится тестирование установки на разных версиях ОС: Windows XP, Windows 7, Windows 8, Windows 10. Каждый раз предыдущая версия программы удаляется с виртуальной машины при помощи консольной программы ClickOnceUninstall (смотрите первый пост в разделе FAQ инструкцию по применению). Если Вы устанавливали программу впервые, то возможно, что у Вас была предустановлена другая версия данной библиотеки. Если это происходит каждый раз при развёртывании программы, то необходимо больше информации о среде окружения: пришлите баг-репорт из программы - протестирую установку на "чистой" виртуальной машине с Вашей версией ОС.