Это не самое главное...

Я вот тут читал много всякой инфы, смотрел коды http://www.efg2.com/Lab/index.html (весьма полезный ресурс) и пришёл к выводу что лучший способ создания gif с прозрачностью, это ручной способ
Вот пример http://xiper.net/learn/photoshop/optimization-gif-and-png-8

Накидал пример (в прищепке) по советам MSDN Graphics->GetHalftonePalette()

Да, на самом деле сглаживание полутонов присутствует (хоть для этого и надо два прохода делать), но то что на выходе выдаёт GDI Gif encoder честно говоря шокирует. (вдобавок у него даже параметров для настроек кодека нет, впрочем как и для bmp и png) Хотя подготовленные gif образы собирает в анимацию без изменений в качестве. Короче говоря вся проблема в преобразовании это подбор паллеты цветов.

Пока что остановлюсь, сделаю загрузку кадров из стрима + водяной знак и успокоюсь