Использование события MainForm.onActivate, полагаю, не то, что тебе нужно. Так как событие срабатывает много раз на протяжении работы программы. Используй onCreate.
Чтобы Java не показывала черное окно консоли - можно вместо java.exe использовать javaw.exe и метод WinExec.doExec вместо doConsoleExec (есть нюансы). Кроме того, скрыть окно консоли можно свойством Mode.