По своему опыту. В самом простом случае сканер работает как клавиатура: просто по порядку выдаются символы штрих-кода "1", "2", "3" и т.д., как будто просто на клавиатуре нажимаются соответствующие клавиши (или с помощью KeyEvent). В конце - генерируется "нажатие" Enter (клавиша с кодом 13). В этом режиме конец ввода отследить легко - нажатие Enter. А вот начало ввода...

Так вот, не знаю как во всех сканерах, но в моём случае сканер можно было настроить на выдачу отдельного нажатия (кода клавиши) ПЕРЕД выдачей штрих-кода. Условно говоря, если в программе ловить нажатие, например, F5, по которому открывать окно с полем ввода, либо просто переводить фокус на нужное поле ввода в текущем окне, то последующие цифры штрих-кода будут заноситься в это поле. Сканер генерирует сначала F5, затем последовательность цифр, затем нажатие Enter. После чего с этим кодом уже что-то можно делать. Но я так далеко не заходил.