Вероятно, так оно может работать, но ты же понимаешь что тогда на каждый байт одного файла нужно перебрать все байты другого файла. То-есть, когда есть 2 файла по 1 МБ (1048576 байт), то читая 4 байта из 1-го файла и сдвигая на 1 байт, 2-й файл нужно прочитать 1048576 раз. Это объем данных ((1048576 - 3) * 1048576) = 1099508482048 байт, или 1 Гбайт 1 Терабайт. И повторить для другой длины последовательности. Даже если файл загрузить в память, вероятно это займет достаточно много времени.
Можешь попробовать реализовать это в HiAsm с помощью DataToFileEx и 2-х MemoryStream.