это помоему очень жестоко, длинная будет любая у байт, которые нужно искать во втором файле? или даже 2 байта можно?, есть ли минимум и максимум или же всётаки все надо лопатить ?

нагружать можно весь процессор, 1 длинна байт на 1 поток, и так в несколько потоков, дабы на 100% загрузить процессор