Для известных включений, можно воспользоваться разложением Фурье и искать совпадения на шкале частот - будет ответ "есть или нет". Если есть, то уже искать место совпадения. (Так ищутся и извлекается из-под шума события гравитационных волн по более чем двум сотням тысяч заранее подсчитанных шаблонам).
Для не известных совпадающих включений через Фурье тоже можно сравнивать, но вероятность "угадывания" поменьше.
А вот "в лоб" перебирать без супер-компьютера никакого терпения не хватит, у меня вот не хватило на сравнение двух файлов 1 и 0.5 Мб, пришлось останавливать а вот 10 и 5 кб сравнил за 0.39 сек