Отличаются регистры, в которых приходят аргументы в функцию, и те, содержимое которых надо сохранять.

Под "функции разные" я понял что речь шла о функциях, вызываемых по имени из ASM-кода. Если имелось в виду сами ассемблерные функции, то понятно что для 32 и 64 бит это должны быть отдельные варианты, включаемые с помощью {$ifdef ...}{$else}{$endif}.