Вероятно, не стоит только при компиляции системных модулей. После выполнения вышеуказанных скриптов опцию можно вернуть обратно, тогда она будет использована для конечных приложений. В случае если опять надо будет пересобрать RTL - надо будет опять предварительно выключить "-O3".