В компонентах Encrypt/Decrypt есть точка Count, которая указывает сколько байт надо зашифровать/расшифровать. При этом размер зашифрованных данных отличается от размера исходных. Компоненты позволяют контролировать результирующее количество.

Как и в случае со строками - считывается часть и кодируется, остальная часть тоже должна считываться и записывается без изменений.