Ресурсы в файле имеют имена. Ресурсы можно заменять, не нарушая работы файла. Тогда патчер только заменяет ресурсы. Файл может иметь другую версию.
Вопрос в том заменяет ли он ресурс полностью, либо выполняет какое-то слияние. Например, в окне новой версии файла была добавлена кнопка, то при замене ресурса окна на старый она пропадет. А чтобы этого не произошло - патчеру надо знать какие ресурсы отвечают за окно и выполнять умное слияние.

Со строками в ресурсах проще - они заменяются целиком, новые строки просто не затрагиваются (если в новой версии все строки не были перенумерованы).