Строки в ресурсах - да, по номерам. Но есть ресурсы, в которых содержится описание окон (интерфейса) программы, например, тип ресурса "RCData" или "Dialog". Их можно заменять целиком, либо пытаться выполнить слияние.
Но ресурсы нельзя заменить простой заменой, если размер оригинального и нового не совпадают. Нужно подвинуть последующие ресурсы и переписать их размеры-расположение в соответствующих местах исполняемого файла.