Если указано WinExec.FileName, то имя запускаемого файла не нужно указывать первым параметром командной строки ("apktool"). Если, конечно, файл "apktool.bat" этого не предполагает.

Кроме того, проблема может быть не в запуске, а в настройке сборки. Если запустить "apktool.bat" с параметрами из консоли Windows - получаешь ожидаемый результат?

Название темы не соответствует описанной проблеме.