Извиняюсь.
C:\Windows\apktool это путь откуда запускается apktool.jar.d это декомпиляция.C:\Users\Andrey\Desktop\apktool\v.apk эта папка где лежит APK файл.C:\Users\Andrey\Desktop\apktool\v это папка куда декомпилируется APK файл.
apktool.jar это консольная утилита и запускается через батник.Батник запускает CMD а WinExec передает выше перечисленные параметры